несов. и сов. перех. Составлять, вести протокол (1,2); записывать в протокол.
Ефремова Т.Ф. Толковый словарь русского языка.
“
протоколировать , -рую, -руешь; -а-нный; сое. и несов., что (книжн.). Составить (-влять) протокол (в 1, 2 и 3 знач.). II сое. также запротоколировать, -рую, -руешь; -анный.
С.И.Ожегов, Н.Ю.Шведова. Толковый словарь русского языка.